Ο Δήμος Κομοτηνής διαθέτει πιστοποίηση κατά ISO 9001/2008 και εφαρμόζει σύστημα τεκμηρίωσης διαδικασιών για τις λειτουργίες του προγραμματισμού, της διαχείρισης συμβάσεων, της παρακολούθησης και πιστοποίησης φυσικού αντικειμένου και της οικονομικής διαχείρισης.
Επιπρόσθετα έχει Επιβεβαίωση Διαχειριστικής Επάρκειας σύμφωνα με την οποία δύναται να υλοποιεί και να διαχειρίζεται έργα που συγχρηματοδοτούνται από το ΕΣΠΑ της προγραμματικής περιόδου 2007-2013. Η εθνική αρχή συντονισμού σε συνεργασία με τα Υπουργεία Εσωτερικών, Ανάπτυξης, Περιβάλλοντος, Χωροταξίας και Δημόσιων Έργων, Απασχόλησης και Κοινωνικής Προστασίας σχεδίασε ένα ελληνικό πρότυπο/ τεχνική προδιαγραφή συστήματος διοίκησης και διαχείρισης έργων του ΕΣΠΑ, λαμβάνοντας μέριμνα των ιδιαιτεροτήτων των έργων που συγχρηματοδοτούνται από το ΕΚΤ, σύμφωνα με το οποίο επιβεβαιώνεται η διαχειριστική επάρκεια των δικαιούχων.
Η διαχειριστική επάρκεια του Δήμου Κομοτηνής επιβεβαιώθηκε από την αρμόδια Ενδιάμεση Διαχειριστική Αρχή της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης για τις κατηγορίες:
- Επιβεβαίωση τύπου Α, για πράξεις με τεχνικό αντικείμενο και πιο συγκεκριμένα δημόσια έργα υποδομής και τεχνικές μελέτες.
- Επιβεβαίωση τύπου Β, για πράξεις δημοσίων συμβάσεων προμηθειών ή υπηρεσιών.